在WSL上做分子动力学——LAMMPS配置指南
1 LAMMPS安装[1][2][3]
1.1 安装依赖库
sudo apt install git cmake3 ccache# cmake3是一个编译器，ccache是个编译加速的包
sudo apt install openmpi-bin libfftw3-dev libjpeg-dev libpng-dev ffmpeg gzip libblas-dev liblapack-dev -y # openmpi是一个并行运算的库，libfftw3是做FFT的库，ffmpeg是做视频输出的库，libblas和liblapack是做线性代数运算的库
1.2 获取源代码
git clone https://github.com/lammps/lammps.git
1.3 建立build文件夹并在其中构建
cd lammps && mkdir build && cd build
1.4 编译参数配置
这一步实际上是修改CMakeCache.txt文件，可以直接在里边修改。具体官方说明3.4-3.6。
cmake -D BUILD_SHARED_LIBS=yes -D LAMMPS_EXCEPTIONS=yes -D PKG_PYTHON=yes -D PKG_KSPACE=yes -D BUILD_OMP=yes ../cmake/
# -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=<某个路径>表示指定安装目录
如果后期要用某个势，需要参考官方库（这里不讲从文献获取）→ Available Packages，然后重新修正构建参数来构建，如加上多体包：-D PKG_MANYBODY=yes
1.5 编译和安装
# 并行编译
cmake -j9 --build . # 如果你的CPU有N个核心，就用-j(N+1)
# 安装
sudo cmake --install .
1.6 设置环境变量
进入.bashrc，在最后添加上以下内容
export LAMMPS_HOME=/home/linqy/lammps
export PATH=$LAMMPS_HOME/build:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LAMMPS_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
# 官方说明是export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/.local/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export OMP_NUM_THREADS=4 # 如果并行运行，则用4个线程
1.7 测试
进入bench目录，输入
lmp -in in.lj
2 Python配置
运行python脚本
import lammps
lmp = lammps.lammps()
如果出现问题，可能要到python文件夹，运行
sudo python3 setup.py install
如果要并行运算，需要mpi4py
pip install --user mpi4py